تمتلك هيئة المستشفى الجمهوري عدد من الأقسام التخصصية منها قسم الطوارئ العامة والذي يقدم الخدمات الاسعافية للحالات الطارئة وحالات الحوادث بمختلف أنواعها من خلال كوادر طبية متخصصة تعمل على مدار الساعة في استقبال الحالات الطارئة، وتقوم بإنقاذ حياة الكثير من الناس انطلاقا من واجبها الوظيفي والمهني.

قسم العمليات الكبرى وهو القسم المختص بإجراء العمليات الجراحية الصغرى والكبرى في عدد من التخصصات وقد شهدت الهيئة خلال العامين الماضيين إجراء عدد من العمليات الجراحية النوعية التي لم تعمل في الهيئة من قبل، وهذا يعكس مستوى التأهيل الذي يمتلكه الكادر الطبي من أخصائيين واستشاريين عاملين بالهيئة، وكذا توفر الأجهزة والمعدات الطبية الحديثة، حيث تجرى عمليات في عدة تخصصات منها عمليات الجراحة العامة، عمليات المخ والاعصاب، عمليات التجميل والاوعية الدموية، عمليات العظام والمفاصل، عمليات انف واذن وحنجرة، عمليات العيون، عمليات المسالك البولية، وهناك قسم العمليات الخاصة بالنساء بمركز الطوارئ التوليدية والذي تجرى فيها العمليات القيصرية وكافة العمليات الخاصة بالنساء والولادة.

قسم العناية المركزة والعناية التنفسية شهدت خلال العام 2019م والعام 2020م توفير عدد من الأجهزة والمعدات الطبية وتقدم الخدمات الطبية والعلاجية لكافة المرضى المرقدين بقسم العناية المركزة بمستوى عالي من الجودة، على ايدي كوادر طبية ذات تخصصات عالية، ومن الخدمات التي تقدمها قسم العناية المركزة والعناية التنفسية

تقدم العيادات الخارجية بهيئة المستشفى الجمهوري خدماتها الطبية لكافة المترديين على الهيئة في أوقات الدوام الرسمي من السبت الى الأربعاء من الساعة السابعة صباحا وحتى الثانية ظهرا، ويقوم الأطباء الاخصائيين العاملين بالعيادات باستقبال الحالات المرضية وعمل الكشف اللازم لها ومعاينتها وتحويل الحالات التي تستدعي اجراء فحوصات الى مركز المختبر وكذا تحويل الحالات التي تستدعي عمل الاشعات اللازمة الى مركز الاشعة التخصصي، وتقدم عيادة العيون اجراء الفحص بالكمبيوتر للعيون، وعيادة تخطيط القلب لعمل تخطيط قلب للمرضى، كما يعمل الأطباء على تسجيل الادوية التي يحتاجها المريض بعد عمل الكشف والفحوصات والمعاينة اللازمة.